Mulige akutte komplikasjoner ved kjønnslemlestelse:
- ekstrem smerte under inngrepet, eventuelt «smertesjokk”: blodtrykksfall, blodtap og eventuelt besvimelse på grunn av smerte, ofte kombinert med angst
- ekstrem smerte under helingsprosessen, spesielt ved vannlating og avføring
- blødninger som kan bli livstruende
- delvis eller full urinstans på grunn av smerter, hovenhet eller skader
- infeksjoner: sår-, hud- og slimhinneinfeksjoner, eventuelt store verkebyller
– urinveisinfeksjon
– stivkrampe
– livstruende infeksjoner, blodforgiftning
- skade på tilstøtende vev og strukturer
– urinrørsåpning eller urinblære
- brudd- eller leddskader som følge av at jenta må holdes med makt eller bindes og prøver å komme seg løs
- uttørking fordi jenta vegrer seg mot å drikke for å unngå smertefull vannlating
- liggesår og trykkskader fordi jenta har måttet ligge stille i mange dager
Risikoen vil være større jo mer omfattende inngrepet er. Andre forhold, som jentas helsetilstand, hvem som utfører inngrepet og grad av medikalisering (bruk av smertelindring, sterilisert utstyr osv.), kan også påvirke alvorlighetsgraden av inngrepet.